קיבוץ מֶצֶר נוסד על ידי קבוצת עולים שהגיעו לארץ מארגנטינה, כולם בוגרי תנועת ’השומר הצעיר` בארץ מוצאם.
הגרעין המייסד הורכב, למעשה, ממספר קבוצות מאותה שכבת הגיל, שמקורן בקִנים השונים של התנועה בעיר הבירה, בואנוס– איירס, ובערים אחרות שבפרובינציות המרוחקות מהמרכז. חברי הגרעין היו אמורים להקים ’קיבוץ ימי`, ולצורך זה עברו הכשרה על אי קטן באזור אל–טיגרה (הנמר), שבשפך נהר הפרנה (נהר הכסף). הקבוצה הראשונה עלתה לארץ בחודש אוגוסט 1951, הגיעה לקיבוץ מרחביה, ובו המשיכה את הכשרתה ועשתה את צעדיה הראשונים בחיי קיבוץ. מאוחר יותר התפצלה הקבוצה, וחלק מהחברים נשלחו כתגבורת לקיבוץ געתון. במשך הזמן הצטרפו והגיעו חברים נוספים, והגרעין עבר דרך משקי הכשרה שונים: סאסא, גת, יקום, עין–דור, גזית וסער. בטרם עלו על הקרקע התגייסו החברים לצה”ל, ואת תקופת שירותם עשו במסגרת הנח”ל. בינתיים הוחלף יעדם, תכנית הקיבוץ הימי בוטלה, ומשיקולים ביטחוניים הוחלט להקים את הקיבוץ החדש באזור שבין קיבוץ מענית לבין הכפר הערבי באקה–אל–גרביה. באותו קו עבר אז הגבול עם ממלכת ירדן, ומכאן אחד מהפירושים לשמו של הקיבוץ (מצר=גבול).
טקס העלייה על הקרקע נערך ב– 8 בספטמבר 1953 , כ”ח באלול תשי”ג. חברי הגרעין המיישב הגיעו אל הנקודה בחצות, ומשימתם הראשונה הייתה לאייש עמדות שמירה ולאבטח את המקום. הם מנו אז כארבעים בחורות ובחורים, רובם ככולם רווקים, בני 24-23.
אמצעי התחבורה שעמדו לרשות המתיישבים היו משאית, קומנדקר צבאי, טרקטור, סוס ועגלה. היציאה אל הכביש הראשי הייתה דרך כביש עפר, שבימי החורף הגשומים היה הופך לבִיצה טובענית. הקשר אל “החוץ” היה באמצעות אלחוט, והודעות ודברי דואר היו מגיעים עד למסעדת ’יענקלביץ`, שבצומת כרכור-גן–השומרון.
מגוריהם הראשונים היו אוהלים, אך כבר בשלושת הימים הראשונים לעלייתם נבנו שלושה צריפים, בסיוע חברי קיבוצים מהסביבה. בכל צריף היו ארבעה חדרים, ובכל חדר שוכנו ארבעה חברים. בנוסף, הוקם פחון ששימש כמטבח, ופחון נוסף – כמחסן נשק. השירותים והמקלחות הראשונים הוקמו באופן מאולתר, ונבנו מחבילות קש.
עוד בטרם העלייה על הקרקע הגיעה אל השטח קבוצת חברים שהיו בשירות צבאי, שהחלו בהכשרת הקרקע לגידולי השדה שהתפתחו בהמשך: תפוחי אדמה, בוטנים, דורה, גן ירק, מטעי תפוחים ואגסים, ענבים ועוד. הקרב להכשרת הקרקע נמשך עוד זמן רב, כתוצאה מריבוי האבנים והסלעים בחלקות.
מקור המים הראשון, הן לשימוש חקלאי והן לשימוש החברים, היה בבאר של מייסר, הכפר הערבי השכן, אשר אתו נרקמו יחסי שכנות טובים לאורך השנים.
בנוסף לעבודה בענפי הייצור ובענפי השירות במקום, נאלצו החברים לחפש מקורות פרנסה נוספים, ומכאן שחלקם הופנו לעבודות חוץ – במפעל ’גלעם`, במאפייה ובמטבח של קיבוץ מענית, או כמטפלות בקיבוצים אחרים בסביבה.
בני הקיבוץ הראשונים נולדו בין השנים 1955-1954 , ואִתם נולד גם הצורך להקים את בית הילדים הראשון, מבנה ששימש בחציו האחד כפעוטון ובחציו השני – כקומונה לחברים.
בעקבות המתח הביטחוני ששרר באזור עד לאחר מלחמת ששת הימים, ביוני 1967 , הוקדשו שעות עבודה רבות גם לשמירה.
בשנת 1954 התקבל במצר עדר הפרות הראשון, ואתו התפתח ענף הרפת. בשנים 1956-1955 נוסף עוד ענף – לולי הטלה.
חלפו כעשר שנים מעלייתו של הקיבוץ על הקרקע ועד לקבלת ההשלמה הראשונה בדמות גרעין תנועתי ישראלי:
ענפי התעשייה התפתחו בשנת 1970 לאחר שכמה חברים קיבלו הכשרה בנושא הפלסטיקה בקיבוץ ניר–דוד, הוקם מפעל לייצור שקיות שמפו וחומר סיכה למכונות,
שנקרא ’כרמץ`.
כשנה מאוחר יותר עבר המפעל הסבה לייצור צינורות השקיה, ושמו הוחלף ל’מצרפלס`.
בשנת 1977 החל לפעול גם מפעל לייצור כובעים.