קיבוץ מֶצֶר נוסד על ידי קבוצת עולים שהגיעו לארץ מארגנטינה, כולם בוגרי תנועת ’השומר הצעיר` בארץ מוצאם.
הגרעין המייסד הורכב, למעשה, ממספר קבוצות מאותה שכבת הגיל, שמקורן בקִנים השונים של התנועה בעיר הבירה, בואנוס– איירס, ובערים אחרות שבפרובינציות המרוחקות מהמרכז.
חברי הגרעין היו אמורים להקים ’קיבוץ ימי`, ולצורך זה עברו הכשרה על אי קטן באזור אל–טיגרה (הנמר), שבשפך נהר הפרנה אל הריו–דה–לה–פלטה (נהר הכסף).
בטרם עלו על הקרקע התגייסו החברים לצה”ל, ואת תקופת שירותם עשו במסגרת הנח”ל. בינתיים הוחלף יעדם, תכנית הקיבוץ הימי בוטלה, ומשיקולים ביטחוניים הוחלט להקים את הקיבוץ החדש באזור שבין קיבוץ מענית לבין הכפר הערבי באקה–אל–גרביה. באותו קו עבר אז הגבול עם ממלכת ירדן, ומכאן אחד מהפירושים לשמו של הקיבוץ (מצר=גבול).
טקס העלייה על הקרקע נערך ב– 8 בספטמבר 1953 ,
בנוסף לעבודה בענפי הייצור ובענפי השירות במקום, נאלצו החברים לחפש מקורות פרנסה נוספים, ומכאן שחלקם הופנו לעבודות חוץ – במפעל ’גלעם`, במאפייה ובמטבח של קיבוץ מענית, או כמטפלות בקיבוצים אחרים בסביבה.
חלפו כעשר שנים מעלייתו של הקיבוץ על הקרקע ועד לקבלת ההשלמה הראשונה בדמות גרעין תנועתי ישראלי:
ענפי התעשייה התפתחו בשנת 1970 לאחר שכמה חברים קיבלו הכשרה בנושא הפלסטיקה בקיבוץ ניר–דוד, הוקם מפעל לייצור שקיות שמפו וחומר סיכה למכונות,
שנקרא ’כרמץ`.
כשנה מאוחר יותר עבר המפעל הסבה לייצור צינורות השקיה, ושמו הוחלף ל’מצרפלס`.
בשנת 1977 החל לפעול גם מפעל לייצור כובעים.